พระราชบัญญัติสุขภาพแห่งชาติ พ.ศ. 2550 มาตรา 26 ให้จัดตั้งสำนักงานคณะกรรมการสุขภาพแห่งชาติ ขึ้นเป็นหน่วยงานของรัฐที่ไม่เป็นส่วนราชการตามกฎหมายว่าด้วยระเบียบบริหารราชการแผ่นดิน และไม่เป็นรัฐวิสาหกิจตามกฎหมายว่าด้วยวิธีการงบประมาณหรือกฎหมายอื่น โดยมีหน้าที่และอำนาจตามมาตรา 27 ดังต่อไปนี้
1. รับผิดชอบงานธุรการของ คสช. และคณะกรรมการบริหาร
2. ประสานงานกับหน่วยงานด้านนโยบายและยุทธศาสตร์ของรัฐบาลและหน่วยงานอื่น ๆ ทั้งภาครัฐและเอกชนที่ดำเนินงานเกี่ยวกับเรื่องสุขภาพ และดำเนินการเพื่อให้เกิดการทำงานร่วมกัน
ในระดับนโยบาย ยุทธศาสตร์และแผนงานด้านสุขภาพ
3. สำรวจ ศึกษาและวิเคราะห์ข้อมูลต่าง ๆ รวมทั้งสถานการณ์ของระบบสุขภาพเพื่อจัดทำเป็นรายงานหรือเพื่อประโยชน์ในการดำเนินการตามพระราชบัญญัตินี้
4. ดำเนินการเพื่อให้การจัดสมัชชาสุขภาพแห่งชาติ และการสนับสนุนการจัดสมัชชาสุขภาพเฉพาะพื้นที่และสมัชชาสุขภาพเฉพาะประเด็นบรรลุผลตามมติของ คสช.
5. ปฏิบัติหน้าที่อื่นตามที่กำหนดไว้ในพระราชบัญญัตินี้หรือตามกฎหมายอื่น หรือตามที่คณะรัฐมนตรีหรือ คสช. มอบหมาย
การดำเนินงานของสำนักงานคณะกรรมการสุขภาพแห่งชาติ (สช.) ให้ความสำคัญกับการขับเคลื่อนกระบวนการนโยบายสาธารณะแบบมีส่วนร่วมบนพื้นฐานทางปัญญา
(Participatory Public Policy Process based on Wisdom : 4PW) เน้นการมีส่วนร่วมจากหลายภาคส่วน ทั้งภาครัฐ/ราชการ วิชาชีพ/วิชาการ และประชาสังคม/เอกชน ตามยุทธศาสตร์สามเหลี่ยมเขยื้อนภูเขา เพื่อนำไปสู่เป้าหมายในการสร้างเสริมสุขภาพและสามารถดูแลแก้ไขปัญหาสุขภาพของประชาชนได้อย่างมีประสิทธิผลและประสิทธิภาพ โดยมีเครื่องมือสำคัญ
ประกอบด้วย ธรรมนูญสุขภาพ สมัชชาสุขภาพ การประเมินผลกระทบด้านสุขภาพ และสิทธิและหน้าที่ด้านสุขภาพ ซึ่งมีกลไกสำคัญ ได้แก่ คณะกรรมการสุขภาพแห่งชาติ (คสช.) ทำหน้าที่ในการกำหนดนโยบายและยุทธศาสตร์ด้านสุขภาพ และคณะกรรมการบริหารสำนักงานคณะกรรมการสุขภาพแห่งชาติ (คบ.) ทำหน้าที่ควบคุมกำกับการบริหารงานของสำนักงาน